آن را به پايان برد ، و در سال 437 به تفسير مجدد قرآن آغاز كرد و اين كارى بود كه با وجود فترتهائى كه روى داد تا پايان عمر او ادامه داشت . دو سال بعد ( 438 ) نيز مخالفان توطئه‌اى ديگر كردند و مردم هرات را واداشتند كه محضرى عليه او بنويسند و براساس آن ، شيخ الاسلام را به پوشنگ تبعيد كردند و او در آنجا زندانى شد . مدت اين تبعيد قريب پنج ماه بود و در سال 439 وى دوباره به هرات بازگشت و بر سر درس تفسير و تذكير خويش شد 42 . با آنكه مخالفان دست از آزار او برنداشته بودند سالهاى بعد تا حدودى با فراغت به تذكير و تفسير پرداخت و فرصتى پيش آمد تا مجالس او توجه عدهء كثيرى از مردم هرات را به خود جلب كند و اين موضوع خود موجب خشم و كينهء بيشتر مخالفان گرديد ، ولى به سبب آنكه عميد الملك كندرى نيز با اشاعره و روافض مخالف بود مخالفان ياراى اقدامات حاد عليه او نداشتند . پس از برافتادن عميد الملك ( 456 ) مخالفان سخت‌تر در كار آمدند و مخالفت‌هاى پنهان خويش را آشكار كردند . اين بار پيروان شافعى و حنفى خواستار مناظره با او در حضور نظام الملك شدند . خواجه عبد اللّه خواه ناخواه در مجلس وزير حاضر شد . وزير خواست ائمه‌ى شافعى و حنفى را با وى در ميان گذاشت و گفت اگر در اين مناظره حق با تو بود آنان به مذهب تو خواهند گرائيد ، در غير اين صورت تو در گشتن از مذهب خويش و يا اختيار سكوت دربارهء آنان مختارى . خواجه عبد اللّه درحالىكه به آستين‌هاى راست و چپ خويش اشارت مىكرد گفت : با آنان براساس آنچه در آستين دارم مناظره خواهم كرد . در آستين راست او مصحف بود و در آستين چپش صحيحين . و اين كارى بود كه مخالفان توان انجام آن را نداشتند 43 . در سال 450 مخالفان ازو به آلب‌ارسلان سعايت كردند تا باشد كه به فرمان سلطان او را از بر پاى داشتن مجالس تذكير بازدارند 44 . آوازه مخالفت‌هاى شديد او از راه‌هاى مختلف به گوش خواجه نظام الملك رسانيده مىشد و چنان مىنمودند كه در اثر مخالفت‌ها و عصبيت‌هاى شيخ الاسلام ممكن است شهر هرات